Ciri utama dari Islam Nusantara adalah tawasut (moderat),
rahmah (pengasih), anti-radikal, inklusif dan toleran. Dalam hubungannya dengan
budaya lokal, Islam Nusantara menggunakan pendekatan budaya yang simpatik dalam
menjalankan syiar Islam; ia tidak menghancurkan, merusak, atau membasmi budaya
asli, tetapi sebaliknya, merangkul, menghormati, memelihara, serta melestarikan
budaya lokal. Salah satu ciri utama dari Islam Nusantara adalah
memepertimbangkan unsur budaya Indonesia dalam merumuskan fikih.
Islam Nusantara dikembangkan secara lokal melalui institusi
pendidikan tradisional pesantren. Pendidikan ini dibangun berdasarkan sopan
santun dan tata krama ketimuran; yakni menekankan penghormatan kepada kyai dan
ulama sebagai guru agama. Para santri memerlukan bimbingan dari guru agama
mereka agar tidak tersesat sehingga mengembangkan paham yang salah atau
radikal. Salah satu aspek khas adalah penekanan pada prinsip Rahmatan lil
Alamin (rahmat bagi semesta alam) sebagai nilai universal Islam, yang memajukan
perdamaian, toleransi, saling hormat-menghormati, serta pandangan yang
berbineka dalam hubungannya dengan sesama umat Islam, ataupun hubungan antaragama
dengan pemeluk agama lain.